法務部指出，根據最高檢資料統計，截至民國105年8月，特偵組尚有3件特偵案件未結；現有7名特偵組檢察官，除最高檢檢察官兼主任外，其餘6人將來歸建各一、二審檢察署後，仍可繼續偵辦原特偵組未結之案件，也能無縫接軌，打擊重大貪瀆等案件。
法務部表示，在辦案人力方面，各地檢署與特偵組功能相似的黑金專組(股)檢察官，全台目前約有200人，例如台北、士林地檢目前各有16人、新北地檢有14人等，加上過去幾任曾借調至特偵組辦案、早已歸建各地檢署成員，雖然本次修法形式上少了一個特偵組，實質上卻是多了很多個「特偵組」。
法務部也說，特偵組原辦理在海外犯罪所得扣押、沒收案件，將來亦可移轉由轄區檢察官繼續辦理，法務部國際及兩岸司也將協助此業務轉接及對國外連繫。
法務部強調，這次修法可使刑事訴訟程序運作回歸常軌，並藉此強化地檢署在追訴犯罪品質及上級審法律審查功能。