根據統計，就縣市受損來看， 高雄市因颱風莫蘭蒂造成農損4億6448萬元，占整體損失6億8452萬元金額的比重68%。
此外，屏東縣損失1億796萬元、占16%，澎湖縣損失4594萬元、占7%，臺東縣損失2147萬元、占3%，臺南市損失1410萬元、占2%較嚴重。
本次農損中，農產估計損失金額5億7317萬元，農作物被害面積7456公頃，損害程度24％，換算無收穫面積1790公頃。
受損作物主要為番石榴，被害面積1602公頃，損失金額2億4764萬元，其次分別為棗、香蕉、蓮霧及食用番茄等損失金額較多。
此外，畜產損失估計金額為145萬元，主要雞、鴨等受損所致；漁產損失估計金額480萬元，主要為青斑及鱸魚受損所致；民間設施損失估計金額為1億511萬元。