環保署表示，清理環境時應注意，將易腐敗、發臭的垃圾與大型廢棄物分開清理，淹水地區水退後，室內消毒民眾可購買坊間市售家用漂白水，依標示適當稀釋(例：1份漂白水加99份水稀釋)進行消毒。
淹水地區更須注意環境清理，首先將易腐敗、發臭的垃圾與其他廢棄物分開堆放，以便當地環保單位優先清除，在不影響救災及交通順暢下，丟棄不易腐敗的廢棄家電或大型家具，應在附近空地、路旁暫置等環保單位指定地點。
防止災後居家或戶外積水容器孳生登革熱病媒蚊，環保署提醒民眾，記得儘速清除戶內外登革熱病媒蚊孳生源，如檢查花瓶、水缸、水塔、冰箱除霜底盤和盆栽植物墊盤等，並將積水清除，以防止登革熱病媒蚊的生長助長疫情。
環保署強調，必須注意飲用水安全，飲水要煮沸後再飲用，如擔心水有味道，在煮沸後，可將蓋子打開3分鐘以上，讓消毒藥劑揮發變少，地方環保局會加強災後飲用水水質抽驗，飲用井水或山泉水等簡易自來水用戶，更應注意確實煮沸。