中央災害應變中心13日上午召開第一次工作會報，由於預估颱風將重創東部與南部，內政部消防署已派遣先遣小組與通信平台車、無人空拍機等裝備進駐台東與屏東，以便及時掌握災情並隨時支援地方。
由於莫蘭蒂將帶來豪雨，經濟部已在全台完成151座抽水站整備，全台也預先佈置927座大型移動式抽水機及2,737部中小型抽水機供各縣市調度。目前牡丹水庫、鹽水埤、虎頭埤、曾文水庫都已進行調節性放水；另外，為提升大台北地區防洪及高濁度供水應變能力，目前也已完成石門、翡翠及淡水河流域水情中心視訊演練及協調，並加強宣導民眾事先儲水。
此外，目前國軍也有3萬3千多名兵力待命，近4千部車輛、機具以及129艘船艇膠舟完成整備，國軍預置兵力將於13日中午前到達待命位置，並主動提醒地方首長及早完成鄉民撤離。
災防中心指揮官、內政部長葉俊榮表示，根據氣象局資料，這次颱風的風力很強，可能會造成大量停電，他要求經濟部應強化備電與搶修能力。他說：『(原音)跟民眾非常重要的就是這些水電設備維修的整備工作要盡早去做，我們了解到，依照氣象局的資料，這次颱風風力蠻強的，可能造成大量電力設施受損跟停電的災情，這部分要特別請水電維生組加強備電跟搶修能力及機具能量的整備工作。』
葉俊榮說，這次颱風適逢中秋假期，且雨量增多的時候正是民眾返鄉過節的高峰時段，他指示交通部要加強疏運，並提前公告停駛、停航資訊。他並強調，雖然距離上次尼伯特颱風已有一段時間，但許多地方仍在重建、復原，應變中心要加強與縣市政府的聯繫，不能只發公文，必須進一步確認縣市政府是否已掌握相關資訊。