漁業署說，依氣象局資訊，莫蘭蒂颱風預估14到15日影響台灣最劇，適逢中秋大潮，會有較大風浪，西部沿海、金門、馬祖及澎湖等地區，更應慎防長浪、海水倒灌與低窪地區淹水。
漁業署已透過傳真、簡訊或電話等方式，通知地方政府、區漁會及養殖協會等產業團體，針對海面作業船隻應留意收聽最新天氣動態，同時與各地區漁業電台保持密切聯繫。
漁業署也通知各縣市政府注意岸置處所等臨時避難場所的防災整備，大陸船員緊急上岸避風、加強漁港區域內公共設施進行防護、碼頭檢視、停泊漁船加強繫纜，養殖漁業區域內公共設施的防護及供排水路疏通、保持水閘門正常操作、落實魚塭岸壁鞏固與排水設施疏通、養殖備用水源整備，加強施工中的漁業工程防護檢查。