連日大雨，三爺溪氾濫成災，永康、東區、仁德、歸仁等地都淹水，市長賴清德所稱「淹30年的痛苦，我花3年解決」治水計畫破功，引發不少民怨。如何防治三爺溪，又成議論焦點，做大型滯洪池恢復古鯽魚潭更成主流民意。
對此，市府表示，現地已經高度都市發展，無法再大面積徴收土地拆遷民宅；尤其，40公頃滯洪池至少要百億市值，以政府目前財政無法負擔，若是採區段徵收取得，則要變更永康大灣最後一塊農地做區段徵收住宅及滯洪池，單就環評及都審程序至少需要好幾年時間，更何況現在社會氛圍對農地變更高度困難，故恢復古鯽魚潭的理想，以現況而言，並不可行。
市府指出，治水絕非單純治標，而是採取綜合方式，短期以應急方式儘速讓民眾脫離淹水風險，長期仍尋水理特性，以治理計畫持續推動。應急治水成效以三爺溪為例，101年0520豪雨時雨量71毫米的降雨量，淹水面積達1576公頃，103年0812豪雨時雨量91毫米淹水面積已降至316公頃，本次0906仁德站時雨量高達86毫米，永康及仁德站24小時累計雨量均高過300毫米，積淹目前依通報區域概估約小於150公頃，過去常積淹之區域如家具博物館、一甲工業區、仁德公所、中正路、中山路一帶等區域本次豪雨均無災情傳出，積淹區域主要集中在裕義路高速公路附近及大灣崑山一帶，均為目前改善工程進行中之區域。
市府說，目前像三爺溪沿岸還會淹水地方如太子路，裕義路，崑山科大一帶都是道路雨水下水道或抽水站尚在施工中的情形，完成後就會看到市區積水會有顯著改善成效。崑山永久站預計明(106)年6月完工，抽水量達21cms，可改善大灣崑山積淹陳痾；虎尾寮高低地排水分離改善工程亦將於年底完工，屆時裕農路涵洞及裕義路積淹阻礙交通狀況將可獲大幅改善；至於仁德太子路段積淹問題亦已發包施作推進涵管，將積水導入土庫抽水站抽排，預計年底完工，明年汛期均可發揮功能有效改善積淹水情況。