根據統計，自民國104年3月起至105年6月止，一共有9件因大巨蛋而生的相關訴訟案，其中僅2件已判決確定，另有7案仍在審理，距離偵審結束仍有一段時間。
2件判決確定的案件分別是105年6月間，遠雄不服遭台北市勒令停工，向台北高等行政法院聲請停止執行停工處分，7月21日北高行裁定有危公安部分可復工後，北市府不滿再提抗告，最高法院在8月25日駁回，遠雄可復工確定。
另一判決確定則是104年7月間，遠雄對台北市提出的移樹不當處分提起行政訴訟，遭北高行駁回後遠雄又提抗告，最高法院在105年6月間駁回確定。
因遠雄在施工過程中影響松菸古蹟，台北市環保局依「環評法」裁罰遠雄新台幣150萬元，但遠雄不滿提起行政訴訟，全案將於9月28日召開第7次準備庭。
另外，文化局因不滿松菸古蹟鍋爐房遭毀損，也對遠雄提民事訴訟，9月14日一審即將宣判；另一案為文化局對松菸古蹟毀損，依違反「文資法」對遠雄提告，目前由地檢署偵查中。
遠雄與台北市糾纏近2年，柯文哲今天上午召開記者會宣布，在遠雄表現善意的狀況下，暫時不行使大巨蛋終止契約的權利，日後仍會監督遠雄行為，「請支持給大巨蛋一個重生的權利」。