環保局表示，歷年日月潭泳渡活動期間，皆會加強自來水淨水場水源及供水水質監測，另目前日月潭伊達邵地區及水社地區之家戶污水及小型住宿餐飲業廢水已納入交通部觀光局日月潭國家風景區管理處所屬二座污水下水道系統處理。環保局會針對日月潭周邊水污染列管事業：計有觀光旅館（飯店）餐飲業11家、污水下水道系統3處及遊樂園（區）1處，進行稽查與放流水採樣分析；倘經環保局採樣檢驗結果未符合標準者，將逕依水污染防治法相關規定辦理告發裁處事宜。
除上述對淨水場及列管事業單位水質進行監控外，環保局更關注泳渡參與人員之健康，將針對朝霧碼頭及伊達紹碼頭（泳客上岸、下水處）2處進行水質採樣監測；另依據歷年泳渡活動期間進行之各項水質檢測結果顯示泳渡活動並未對潭水水質及自來水水源產生顯著影響。