基金會召集人黃德福質疑，「廢除特偵組是因為行政院、法務部想要操作檢察體系」，他認為，特偵組過去辦了許多大官，而且藍綠不分，這都是有目共睹的。至於特偵組會受總統指揮的說法，他也舉例，前調查局長葉盛茂在過去的任期中，也曾把海外調查洗錢的情資向時任總統陳水扁報告，如此受政治力介入的情形，「是不是也要把調查局廢掉呢？」
黃德福強調，無論黃世銘、葉盛茂的洩密案都是「人」的問題，並非「制度」問題，他坦言，民眾對於特偵組的功能、角色確實有不滿意的地方；但他隨後引用民意調查結果指出，仍有43%民眾反對廢除特偵組，僅有31%支持廢除特偵組，且「支持廢除者大多數都有政黨傾向，是支持民進黨者」，因此絕對不能廢特偵組。
基金會召集人葉慶元則反問，在廢除特偵組後，將會回歸原來的檢察體系，但「民眾會相近台北地檢署，還是經過總統提名的檢察總長呢？」他直言，民進黨此舉是為消除「監督機制」，所以必須要反對；並憂心說道，台灣不能走向一黨獨大的局面，沒有特偵組的監督機制下，將不會有健全的民主發展。
基金會執行長孫立群表示，基金會立場是堅決反對廢除特偵組的，並強調特偵組有「偵辦案件特殊性無可取代」、「具有獨立性高於現存任何組織」、「辦藍也辦綠沒有黨派區別」、「檢查制度不受政治力影響」及「誰執政涉不法就辦誰」等優點。