法務部表示，在司法改革的歷程中，必須真誠的對特偵組數年來的成績表現、功過是非及相關問題做深入的檢討，謀求改進之道；但不可諱言，成立特偵組是在當時政治、社會氛圍下倉促立法，導致法制面及相關配套均有不備，對檢察實務運作及社會觀感造成扞格或負面印象，亟待解決以杜爭議，並贏回全民對司法的信賴。
法務部指出，特偵組的變革，著重在如何將外界詬病或誤解的形象予以扭轉，特別要將外界認為特偵組是具有超級權力的人治單位，轉換檢察形象回歸法治，增進人民對檢察的信心。此外，打擊貪瀆犯罪，始終也是政府努力的目標，不分在朝或在野人士，只要涉及貪瀆犯罪，均是各級檢察機關應戮力掃除不法的對象，不會因政黨輪替或特偵組如何變革而有所差異，更「不會也不應有」不設特偵組就是政府不打老虎的誤謬。
法務部強調，除了特偵組檢察官外，全國尚有1,300多位各級檢察官兢兢業業從事偵查工作，難道不應給予掌聲或肯定嗎？事實上，他們在偵辦貪瀆犯罪上的表現應該可受信賴。法務部呼籲大家相信所有檢察官們的辦案能力與具有的抗壓力，共同為司法改革邁進。