大巨蛋爭議未解，監察院調查報告要求，中央機關應在法律容許範圍內，盡力協助北市府儘速解決大巨蛋爭議。對此，行政院發言人童振源表示，保障公共工程的品質與安全，中央與地方政府均責無旁貸，將請相關單位了解，並視台北市政府的需求，給予必要的協助。
監委調查報告指出，行政院及內政部分別為北市府之上級監督機關與建築法上之中央主管機關，北市府與遠雄巨蛋均向監察院承諾七項安全基準得交由內政部營建署、台灣建築中心或第三方先行評估，中央機關自不宜輕忽此一解決問題的契機，在法律容許範圍內，應盡力協助北市府儘速解決大巨蛋爭議。
此外，調查的監委同時提案糾正北市府，糾正內容主要是：
一、針對北市府104年5月14日前之75次勘驗並未依據BOT契約之約定，詳實比對建築圖說與現場差異，未盡契約之勘驗責任，且就遠雄巨蛋違法未按圖施工，所衍生公安疑慮，未考量與遠雄巨蛋具有BOT夥伴關係，透過媒體忽而解約、忽而換手，致使契約兩造信賴關係破壞殆盡，顯有不當之處。
二、北市府廉委會在未有法律明文規定下行使調查權，其設置法定依據、職掌、人員組成方式與調查權限之範圍，違反正當法律程序原則與司法院釋字585號解釋意旨，顯有違法。
不過，台北市長柯文哲認為，監察院的判決書，坦白講內容是對台北市是比較有利的，只是他看媒體的標題，都對北市府比較不友善。
柯文哲還說，廉委會是委員會不是機關，不認為它有什麼違法，目前也沒有裁撤的打算；而且廉委會這件事，不是他自己發明的，事實上民國96年、前台北市長郝龍斌時代，就有廉政肅貪中心，他只是延續把名稱改變。
台北市政府發言人林鶴明昨表示，針對監察委員報告指出，遠雄巨蛋公司身為起造人，任意修改原核准圖說邊做邊改，致引發公安疑慮，具有無可迴避之責任，以及北市府以遠雄未按圖施工予以停工處分之決定無違誤之處，北市府表達肯定。