大巨蛋停工一年多，遠雄與台北市府多次隔空交火、大打口水戰。台北市府主張遠雄未按圖施工、恐有公安疑慮；遠雄認為柯P濫用媒體優勢，以廉政透明委員會違法行使調查權。監察院今日(11)上午針對遠雄向監察院陳情台北市府停工處分，公布「台北市大巨蛋案」調查報告。
調查委員提案糾正台北市府，對於台北市府104年5月14日前75次勘驗，並未依據BOT契約約定，詳實比對建築圖說與現場差異，未盡契約勘驗責任，且就遠雄巨蛋違法未按圖施工，所衍生公安疑慮，未考量與遠雄巨蛋具有BOT夥伴關係，透過媒體忽而解約、忽而換手，致使契約兩造信賴關係破壞殆盡，顯有不當之處。
自去(104)年5月20日全面停工處分，行政處分執行規模、範圍與時間久暫，攸關大巨蛋周邊公共安全與市民生命保障，至今(105)年7月21日由台北高等行政法院裁定，就全部停工處分部分准予停止執行、准予部分復工。監察院認為，台北市府應衡量該處分的合理性，避免因違反比例原則而衍生重大公安危難。
對此，台北市府認為大巨蛋工程79處主要構造未按原核准圖說施工，都發局已於8月9日同意及19項工程有條件復工，後續遠雄公司仍應提出完整施工計畫，才能進場施作。
另外，監察院也糾正台北市府廉委會，在未有法律明文規定下行使調查權，其設置法定依據、職掌、人員組成方式與調查權限的範圍，違反正當法律程序原則與司法院釋字585號解釋意旨，顯有違法。
台北市政風處表示，依據台北市府組織自治條例第9條：「市政府為處理特定事務，得設置各種任務編組，其設置要點另定之。」，柯市長為兌現選前承諾，將廉政肅貪中心改設為廉政透明委員會，設置委員21人，且半數以上係由府外社會公正人士及專家學者擔任，透過外部監督機制深入檢討各機關肅貪、防貪、公務倫理及行政透明措施等各項廉政工作推動情形。