「財團法人兩岸交流遠景基金會」、「財團法人亞太和平研究基金會」近期選出新任董事長，分別由總統府前祕書長陳唐山，以及民進黨前主席許信良擔任，媒體解讀這兩大智庫的「二軌」角色將愈來愈重要。
不過，陸委會副主委兼發言人邱垂正11日在例行記者會上對此回應表示，非常重視智庫的研究成果，並會做為施政參考，可是當前重點仍是「一軌」的官方互動。邱垂正說：『(原音)政府目前最重要的努力，就是要做好一軌的官方溝通互動，全力維護好兩岸現有的機制，特別是涉及公權力事項，仍須透過公權力與官方的對話協商機制，才能夠完整照顧好國家的利益，以及落實保障民眾的權益與福祉。』
另一方面，關於台北市與上海市舉辦的「雙城論壇」，邱垂正指出，正面看待兩岸的城市交流，這樣的良性互動有助於彼此了解，增進兩岸城市在經濟、教育、文化、觀光等方面發展；陸委會也會持續關注兩岸城市交流的情形，加強與地方政府聯繫，並提供必要協助。