針對廢除特偵組，國民黨表示，不能因為特偵組曾經偵辦扁案，就要廢除。
對此，法務部長邱太三11日在行政院會後記者會表示，特偵組除了偵辦扁案，也曾經辦過國民黨籍行政院前秘書長林益世的案件，法務部是從法制面檢視特偵組的存廢。邱太三說：『(原音)我想這可能有點想像過度，特偵組過去不只辦綠，也一樣有辦藍，像林益世的案子，只是有辦成，另外也有不辦成，才會引發政治上猜測或聯想，我想這都是不必要，我們確實要從法制面、功能面檢視，這是法務部的出發點。』
邱太三表示，立法院第八屆立委時，法務部就會銜司法院對特偵組的設置提出調整，可見整體氣氛已經到了討論存廢的時機。他表示，法務部已經提出廢除特偵組的相關配套措施，正等待地檢署、高檢署回應，納入修法意見一併討論。
邱太三也表示，當初成立特偵組時是由立法院提案，因次廢除時也應由立法院發動，法務部不會提出政院版本，但修法過程中會與立法部門密切溝通。
另外，針對不當黨產處理委員會的委員也可能多數具有檢察官背景，是否可能分散地檢署的辦案人力，邱太三指出，法務部是行政院的法律顧問機關，當政院需要法律支援時，法務部會依據不當黨產處理條例和政院的需要派出檢察官支援。