社會局統計善款截至7月29日達42億3,543萬6,567元，經市府提出，由捐款專戶管理委員會核定27項計畫共37億7,601萬418元，以優先照顧0206震災災民需求。在對人的照顧部分，已由社會局針對罹難者家屬、受傷、住屋毀損民眾以及失依兒童、失去親人的長者等，提供全面性照顧，包括每名罹難者發放500萬元慰助金、以及失依兒童以成立信託方式保障未來生活、提供受傷民眾醫療補助、受傷、身障慰問，更有急難救助、短期生活扶助、受災慰問金等以舒緩受災民眾或其家屬經濟負擔，共計10項計畫，總金額為5億9,729萬7,578元。
各界都希望善款能充分落實在災民照顧與重建上，因此市府訂出善款使用的二大原則，第一為專款專用投入震災相關補助，絕不會作為市府重大建設之用。第二則為公開透明，邀集法律、會計、工程、公正人士與災民代表等共同組成捐款專戶管理委員會，除已召開4次會議監督善款之使用，每週二亦將所有善款的收入、支出公告於市府、社會局網站，讓資訊充分揭露。
針對外界對於善款用於教室重建有疑慮事宜，賴清德表示，市府對善款的運用相當嚴謹，善款須經過善款監督委員審查通過才可動用；因為學校也是受災戶，此次善款中，有不少善心人士指定要捐給學校用，所以學校教室重建用到16億善款部份，在程序上沒有問題；至於往後教室修復的經費，將由市府和教育部以公款來解決，希望能在3年內完成耐震系數不足教室的復原工作。