2011年日本311地震發生後，台灣暫停受理福島、茨城、櫪木、群馬、千葉等5縣所有食品的輸入報驗，並規定「九大類產品」逐批查驗檢驗輻射值。2015年出現日本食品「偽標」事件，衛福部提出「官方產地證明文件」及「輻射檢測證明」等兩項公告，前者要求5縣以外所有日本輸入食品，皆應檢附日本官方或官方授權機關的產地證明文件，或經食藥署認可的產地證明文件，產品才可以輸台；後者則針對孩童及嬰幼兒日常攝食食品，要求特定區域的特定食品需檢附輻射檢測證明。
相關人士受訪時表示，這個議題攸關民眾健康，政府當然非常重視，但站在台日關係的角度，台灣以「地區」做標準，全面進行管制的做法，確實衝擊了雙邊關係，特別是攸關台灣經貿利益的「台日經濟夥伴協定」、「跨太平洋戰略經濟夥伴協定」的雙邊諮商，都因為食品輸台議題而暫停，甚至連非常重要的高層對話交流，居然也已受到影響。
為化解僵局，政府希望能比照先進國家的做法，以科學根據做標準，針對特定地區的特定產品採取管制措施，而不是區域性全面管制，但相關人士說，政府內部仍在溝通討論，目前尚未定案，就算以後決定了政策方向，如何向國會與民眾溝通是更為重要的關鍵。
根據衛福部食藥署的官網公告，台灣對日本食品的輻射安全管理，較世界多數國家嚴格，除台灣是針對日本5縣之外，「世界上僅有中國大陸亦針對福島等10縣地區『所有』食品暫停輸入」，其他國家只有針對部分產品管制，而非對「所有」產品。
另一方面，原訂7月底舉行的「台日海洋事務合作對話機制」會議因故延期，相關人士指出，會議延期原因與日本食品輸台議題無關，食品議題在海洋事務上並非籌碼，兩件事情沒有綁在一起。