時代力量立委黃國昌4日質疑，司法院副院長被提名人林錦芳過去所發表過的期刊論文，有抄襲的可能。對此，總統府發言人黃重諺僅表示，相信當事人會進行說明。
黃國昌在臉書上發文表示，當總統府公佈司法院正副院長被提名人為謝文定及林錦芳時，她的反應是錯愕、不解與無法接受。
黃國昌接著指出，由於接下來的審查程序，若流於過去陋習，將無法符合實質審查的社會期待；因此，他認為有些問題必須拋出來，先請當事人回應，以便進行後續的社會討論。
黃國昌向林錦芳提出兩個問題：
1.請問林錦芳被提名人，您所送交給立法院的期刊論文「妨害性自主罪量刑分析」（刑事法雜誌第55卷第5期，2011年10月），是否由您自行創作？為何內容大量抄襲司法院100年度委託研究計畫「妨害性自主罪量刑分析」(2011年6月)？
2. 您在提交論文給刑事法雜誌時，是否有簽署「著作權授權同意書」（內有切結條款：「本人保證著作為自行創作」「未侵害任何第三人之智慧財產權」）？
黃國昌表示，他當初在閱讀這篇文章時，就覺得十分怪；因此特地於7月18日去函向司法院調閱「妨害性自主罪量刑分析研究成果報告」，結果司法院竟然回覆「這個研究計畫就只有在網頁上的內容，沒有另外的成果報告」，他直言「這種離譜的答案，令我無法相信」。
黃國昌寫到，在超過兩個星期追蹤連繫，不斷得到「鬼打牆」的回覆後，前天他忍不住說了重話，司法院才終於把這個原本聲稱「不存在的成果報告」交出來了。他初步比對，就發現林錦芳的論文，有極高的篇幅，與該份由陳教授主持的研究成果報告，「字句、標點」完全相同。
黃國昌認為，林錦芳或許會以「這個研究計畫是由她與陳教授共同主持」試圖回應，但他強調，這種回應並未解決問題；並質疑，若林錦芳的論文是「自行創作」，何以用字遣詞與他人名義所提出的成果報告內容如出一轍？如果是「共同創作」，何以論文作者卻只有林錦芳？
黃國昌表示，除了請林錦芳說明之外，時代力量也邀請法學界的朋友，針對此事應如何評價，是否影響林錦芳出任大法官的適格性，發表看法，參與討論，作為立法院後續審查之參考。
對於黃國昌的質疑，總統府發言人黃重諺僅表示，相信當事人會進行說明。至於有關司法院正副院長人選，總統在日前與「民間監督司法院大法官聯盟」會見時，針對聯盟成員對提名人的質疑，總統的態度是：「支持嚴格的審查，但也要給當事人有適當的說明機會，不要先預設結論」。