台南市環保聯盟理事長黃安調表示，環團現勘發現聖功女中後門西側鐵道旁的水道，有大約450公尺清澈的地下湧泉；從實踐街平交道往北起算的第二根電線桿附近開始出現出水點，由南往北流向柴頭港溪，水流清澈、生態豐富。見水中有小魚，常有多種鳥類來此飲水、覓食，為長年流動的活水。
他說，交通部地下水報告，沒有評估地下湧泉存在與影響，也沒有詳盡調查。不希望政府草率通過南鐵地下化工程，應先評估地下湧泉存在的風險與該提出的因應對策。
南鐵青年許世忠表示，根據民國99年的環差書，地下化範圍內一共有6個區域會挖到8個可能的文化遺址；但是當年只有調查文獻和地表淺層，沒有往深層去開挖調查。
他說，希望政府在通過都市計畫之前，先進行這6個區域的柏油路鑽探，處理好文資保存爭議以後，再決定要不要做都市計畫變更。
台南市政府回應指出，經水利局實地勘查發現，所謂地下湧泉處的流水，實為邊坡擋土牆的洩水孔所造成的自然流洩情況；又因鐵道與緊鄰的聖功女中呈現高低落差，施作擋土牆保護邊坡，且擋土牆依設計標準均須設計洩水孔，以利入滲雨水排入側溝。
市府指出，根據交通部委託成功大學進行文化資產調查報告指出，預定地沿線並沒有大面積文化遺址存在。直接受影響的遺址為聖功女中遺址，重要性屬一般性遺址，建議以搶救及施工監看辦理。