文化局說，自救會表達反對訴求或不同聲音是民主社會常態，但也須尊重法治，依文資法規定，文化資產的指定權責不是行政單位，而是文化資產審議委員會。
文化局指出，制度設計是期待透過審議委員會進行專業審查及獨立判斷，認定文化資產價值進而予以保留維護。但不能倒果為因，成為特定團體追求特定目的，或為迴避其他法令的策略運用工具。
文化局又說，旗山文史團體「尊懷活水人文協會」於4月26日依據文化資產保存法第12條函文提報「旗山太平商場 (大溝頂)」聚落案，經依文化資產保存有關規定邀集文資委員現勘，經審查結果，並未符合列冊標準，已作成不予列冊決議。這項決議已於6月23日發函告知提報單位，後來依據尊懷活水人文協會要求，並於7月15日函文提供審查會議紀錄給該協會。