颱風尼伯特襲台時，重創台東縣後，中央也投入救災活動，其中行政院環境保護署是最後才撤出台東的單位之一，當時積極協助台東清理大型廣告物、看版、樹枝等廢棄物，讓當地民眾非常肯定。
李應元表示，今天收到一張未署名來自台東的明信片，上面是用注音寫著「台東謝謝你」，並且手畫了一個熱氣球，讓李應元直呼超溫暖，超感動。
「讓地方認為大家與他們同在。」李應元說，收到這張明信片就表示同仁的努力都有讓當地民眾有感覺。
當時，除了環保署的清潔人力之外，李應元也跟勞動部協調，用「就業安定基金」，讓散布各地的台東年輕人回鄉幫忙，一方面可以賺錢，另一方面也回饋地方。
除了明信片之外，李應元說，當時環保署的人力去當地幫忙時，當地的民宿老闆也願意免費讓環保署人員入住，雖然當然不會免費去住，但這點也讓他非常感動。
由於台東風災時，倒了許多樹木，李應元今天也指出，將啟動一萬噸樹枝循環再利用計畫，將倒塌的樹木做成生物碳，其中1000噸將給農委會的全國改良場當肥料，其他則是會交給廠商處理。
李應元說，生物碳可以減少二氧化碳的產生，也可以讓這些傾倒的樹木，可以再利用，而不是當垃圾燒掉。