行政院發言人童振源25日表示，因為涉及機密及軍事管制區的規定，漁民不宜在未經國防部同意就強登太平島，他說「如果每個人都可以進入太平島，則國家的主權將蕩然無存。」不過，這番說法遭輿論批評失言，又不是菲律賓漁民要登太平島。
「主權蕩然無存」說，網路上幾乎一面倒批評，有網友表示，「連這個發言人都知道，新政府只會出賣主權，所以主權蕩然無存」、「自己的人民闖入公署或者軍事要地，再怎樣也是內政法律問題，怎會是主權問題」，更有人痛批「登島漁民是菲律賓來的嗎?」
知道這番發言引發爭議性，行政院25晚間發出澄清簡訊，強調童振源說的是：在「沒有經過相關國防安全考量評估下登島，將對國防安全產生危害，傷及國家權益」。對於民眾想登上太平島宣揚主權，行政院完全尊重「國防等單位」的專業。
由於船隊未事先向國防部申請，最後只能以「緊急避難」為由登島，但是登島漁民26日上午僅能在島上碼頭吃早餐，不能進入軍事管制區。
國防部作計室聯合作戰處長鍾樹明26日在例行記者會上表示，太平島在民國89年列為重要軍事管制區，102年核定「入出太平島許可」。目前規定可以申請登上太平島對象有四類人員；第一類、執行公務和從事參與國防安全事務人員；第二類、和國防部訂約的工商組織和參與國防安全事務人員；第三類、外國籍人士實際從事參與國防安全事務人員；第四類、從事裝備維保和學術研究人員。一般民眾並沒有開放申請進出太平島。
不過，鍾樹明指出，我國籍或外國籍漁船，因為故障緊急避難等相關需要，向島上申請緊急救援部分，由海巡署依規定實施緊急救援，並不在限定裡。
▲國防部作計室聯合作戰處長鍾樹明26日表示，太平島在民國89年列為重要軍事管制區，102年核定「入出太平島許可」，登島必須經過申請，不開放一般民眾登島。（圖／記者呂烱昌攝影.2016.7.26）
