在民進黨人數優勢下，立法院院會25日晚間8時26分三讀通過「政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例」，明定政黨自1945年8月15日起，以無償或交易時明顯不相當之對價取得之財產，推訂為「不當黨產」，並在行政院設《不當黨產處理委員會》，依法進行政黨、附隨組織及其受託管理人不當取得財產的調查、返還、追徵等。此外，政黨及附隨組織自本法施行後1年內須申報財產，逾期未申報者，最高可處新台幣500萬元罰鍰。
在立法院本會期要結束前，民進黨就已經決定召開臨時會，並將「不當黨產處理條例」列為臨時會第一案，表達一定要過的決心，由於不當黨產處理條例朝野歧見甚大，由立法院長蘇嘉全上周五召集、經過馬拉松式的朝野協商，全部條文34條加法案名稱、5章節名稱，總計40項目要處理。
朝野黨團於上午同意在院會廣泛討論後，進入逐條討論，其中有爭議的條文經發言後再表決，民進黨不斷以人數優勢，多次否決國民黨團所提的修正動議，不過也使得整個處理過程相對冗長，從上午9時至晚間8時許、歷時11小時才完成二讀，民進黨團高喊「黨產歸零，改革起步」、國民黨團則高喊「東廠再現，違法違憲」。院會隨即進行三讀，並通過將法案名稱定為「政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例」。
三讀通過的條文明定，政黨及附隨組織自1945年8月15日起取得，或自1945年8月15日起交付、移轉或登記於受託管理人，並於條例公布日時還存在的現有財產，除了黨費、政治獻金、競選經費之捐贈、競選費用補助金及其孳息外，推定為不當取得之財產。而政黨、附隨組織自1945年8月15日起以無償或交易時顯不相當之對價取得之財產，也推定為不當取得之財產。
三讀通過的條文也明定，行政院設《不當黨產處理委員會》，依法進行政黨、附隨組織及其受託管理人不當取得財產之調查、返還、追徵、權利回復及本條例所定之其他事項。而不當黨產處理委員會設置委員11人至13人，任期4年，由行政院長派（聘）之，並指定其中1人為主任委員，1人為副主任委員。
三讀通過的條文並規定，政黨、附隨組織應在本法施行1年內申報財產，逾期未申報者，可處新台幣100萬至500萬元罰鍰，得按次處罰，累計處罰5次即推定該財產為不當黨產。同時，院會也通過，依本法所取回或追徵其價額之不當取得財產，應定期公告清單，並揭載於不當黨產專屬網站。