中國國民黨認為《政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例》草案中，將「不當黨產處理委員會」設立於行政院轄下，恐有違行政中立，且行政院也會淪為「東廠」角色，因此提案要求將主管機關修正為監察院，但院會最終在72比31票的情況下，通過民進黨版修正動議，未來委員會將仍設立於行政院轄下。
《政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例》草案第2條原審查會版本為「本條例之主管機關為行政院不當黨產處理委員會，不受中央行政機關組織基準法規定之限制。本會依法進行政黨、附隨組織及其受託管理人不當取得財產之調查、返還、追徵及本條例所定之其他事項」。
但國民黨認為，如此一來行政院將淪為「東廠」角色，且毫無獨立運作的空間可言，因此提出修正動議將條文內容變更為「本條例施行前政黨取得之財產，主管機關認有爭議之虞者，應移請監察院調查之。監察院為前項調查，準用監察法相關規定辦理」，亦即由監察院作為主管機關。
民進黨所提的修正動議中，除了「調查、返還、追徵」以外，僅另增加「權利回復」，並未更動主管機關。
而除了第2條以外，國民黨也提出修正動議，將第18條中不當黨產處理委員會的設置規定，修正為「隸屬監察院」，並需由監察院院長提請總統派任委員會成員，指定其中1人為主任委員，1人為副主任委員。
但民進黨版提出的修正動議中，則僅需由行政院長派（聘）委員會成員，並指定其中1人為主任委員，1人為副主任委員。
表決結果，第2條在僅有國民黨反對的情況下，以贊成72票、反對31票，通過由民進黨所提出的修正動議，未來委員會將仍設於行政院轄下；而第18條則在民進黨、時代力量贊成，國民黨反對，親民黨棄權，以68比30票的情況下，通過民進黨版修正動議，未來委員會成員派任工作，將仍由行政院長執行。