對於這筆結存款要怎麼用，總統府發言人黃重諺18日表示，蔡總統在2010年第一次參選新北市長時，政治獻金結存是捐回黨部並成立智庫；2012年總統大選的結存款一部分用來成立基金會，其餘大部分用在公益用途，例如協助偏鄉教育等；這次結存1億多元，扣除辦公室交接用掉2,000多萬外，其餘款項都還在黨部，還沒決定用途。
黃重諺表示，依法政治獻金結存只能有4種用途，包括當選後與其公務有關的費用、捐給政治團體或所屬政黨、捐給教育、文化、公益、慈善團體或參加公職人員選舉使用，且要在4年內支用完畢，若沒用完，就要繳庫。