馬英九認為，政府須重申中華民國對太平島的主權，且要明確表態不接受錯誤、荒誕的判斷；內政部也要盡速劃定太平島基點、基線、領海、鄰接區以及200海里經濟海域；而外交部、農委會也要向菲律賓表達願意就經濟海域重疊部分展開談判，在菲國同意談判前，被撤回的百噸級巡防艇應盡速返回太平島值勤。
同時，馬英九也建議海巡署持續強化海巡編裝，提升海空的執法能力；交通部也要延長太平島的飛行跑道，以利小型民航機起降；外交部更要向國際說明太平島的現狀以及誤謬的仲裁結果。
馬英九認為，太平島的歷史地理與現狀，教育部應該納入中小學課綱，國防部也要擴大辦理「大專學生暑期南沙研習營」，以充實下一代對太平島跟與南海的認識。
至於，經濟部等其他部會，馬英九建議，應該逐步發展太平島相關產業，例如，瓶裝水、生態旅遊、低碳經濟等；內政部更研究鼓勵國人到太平島設籍。馬英九還說，今年12月12日是太平島光復70周年，政府應邀請友邦及國際友人登島慶祝以擴大宣傳。