黃文忠是在7月1日與子及2外籍漁工在海上作業時遭雄三飛彈誤射，造成1死3傷意外。飛彈誤射事件震驚國際，海軍、國防部先後道歉，蔡總統也到喪家致歉，允諾盡全力國賠。
蔡總統出席公祭，由國防部長馮世寬、國安會秘書長吳釗燮、高雄市長陳菊等人陪同。總統在上香後，慰問家屬，神情嚴肅，隨即離開。
原本也要來公祭的行政院長林全臨時改由秘書長陳美伶代理出席公祭。
公祭會場，懸掛蔡總統的追悼輓聯「梓里同悲」、副總統陳建仁輓聯是「遽返道山」。
黃文忠家屬曾向蔡總統提出訴求，包括盼可以為黃文忠覆蓋國旗，但是後來家屬不再堅持，海軍改出動香儀和接待人員協助公祭，讓告別式更隆重莊嚴。
受關注的是海軍有百餘名穿著白甲式軍常服的官兵公祭，司令黃曙光、金江艦所屬131艦隊長胡志政也到場致哀；不過金江艦肇事的4人未現身公祭。
海軍共有9個公祭單位，包括海軍司令部、陸戰隊指揮部、教準部和131艦隊等，主祭多由星星級將領代表。告別式歷時1個多小時，場面莊嚴隆重。