行政院大陸委員會晚間透過新聞稿指出，中華民國對南海諸島及其相關海域享有國際法及海洋法上之權利，根據1947年政府公布「南海諸島位置圖」明示中華民國領土及海域範圍以來，堅定捍衛南海諸島領域與相關海域主權，沒有任何改變。
陸委會表示，南海仲裁案在審理過程，並未正式邀請中華民國參與仲裁程序，也從未主動徵詢政府意見。仲裁結果已經嚴重損及政府南海諸島及其相關海域之權利，絕不接受，相關仲裁判斷對中華民國不具法律拘束力。
此外，政府並主張中華民國應被納入多邊爭端解決機制，以「擱置爭議，共同開發」的方式處理南海爭端，與相關各方共同促進南海區域和平與穩定。
陸委會說明，南海仲裁案公布後，總統蔡英文立即召開國安高層會議，政府各部會也將持續密切關注後續情勢發展，對相關事態發展保持警備，妥適應處，以捍衛國家最大利益。