關於南海仲裁案，總統府發言人黃重諺12日下午表示，蔡英文總統在2014年回任民進黨主席後，就請當時的民進黨秘書長吳釗燮召集包括國際法、海洋事務及外交相關領域的專家組成專業團隊，針對南海議題進行有系統的資訊彙整及研究分析，並確立堅守主權立場及確保國家戰略利益2個核心目標。黃重諺：『(原音)整體南海政策的2個核心目標，第一個是堅守主權的立場，第二個部分就是要確保國家的戰略利益，這部分就包括確保太平島的地位，也維持我們在海上巡護運補的能量。』
黃重諺指出，這個專業團隊的主要任務，就是要確認相關作為及聲明在國內及國際法上都能站穩立場，而且要能適時回應一些不實的攻擊，比如「放棄說」或是會引外力等說法。
至於近期，在蔡總統出訪前，國安會曾陸續召開2次大型跨部會協調會議，邀集相關部會討論當前資訊的掌握、情勢的預判與評估，並討論後續分工。總統出訪後，也曾親自召開2次會議討論。在8日尼伯特颱風來襲時，國安會祕書長吳釗燮再度召開跨部會會議，確認仲裁結果出爐後的相關工作安排。