強颱尼伯特帶來豐沛雨量，台南地區時雨量高達91毫米，東區、安南區、永康區都傳淹水災情。市府11日召開記者會，強調最快兩個月，最晚在明年汛期前，台南淹水情況將可獲得改善。
此次尼伯特過境，造成台南部分路段淹水，包括東區裕義路、裕農路高速公路側車道、安南區安中路一段及同安路口、海尾寮、永康區大灣崑山地區等，這些易淹水的路段亟待改善，賴市長特別責成市府水利局針對各區域做詳細淹水的情勢分析，並提出積極的改善方案。
市府秘書長李孟諺11日率水利局長彭紹博對外說明治水方案期程，彭紹博指出，此次的降雨已經超過正常的抽水站跟下水道的負擔，因此造成淹水，而市府也持續進行相關改善工程。其中，海尾寮朝皇宮一帶E抽水站已經完成，滯洪池預計在今年的11月會完成，整個區域應該在今年11月可以有更多保障。
安中路、同安路的部份，短期應急工程大概再兩個月會完成，另外安裝抽水站規劃，希望能夠在明年的汛期可以完工。 崑山地區的永久抽水站已經開工，預計在明年的5、6月，可以裝機抽水。 至於裕農路、裕義路一帶，目前正進行高低分離施工，預計年底完成，一旦遇到大雨，搭配抽水機，明年汛期也會有顯著改善，但整體改善還是要配合三爺溪整治，預計107年中就可徹底解決。