李登輝任內力推本土化　造成國民黨分裂

1988年蔣經國過世後，時任副總統李登輝繼任總統，並接任中國國民黨主席。國民黨在李登輝主政期間大力推動本土化，但是也造成黨內主流與非主流派之爭，導致國民黨內部分裂。

李登輝主政後，以他為首的派系，取得了國民黨黨內的主導權，史稱「主流派」。而原先佔據領導地位的國民黨派系，反而成為「非主流派」。1993年，反對台獨的郁慕明、趙少康、王建煊等人脫離國民黨，令組新黨，成為堅持「中華民國路線」的深藍政黨。

2000年總統大選，國民黨提名連戰與蕭萬長作為正副總統候選人，令蔣經國過世時力保李登輝繼任國民黨主席的宋楚瑜大為不滿，讓原本情同父子的兩人反目成仇，宋楚瑜憤而出走成立親民黨，並投入總統大選。而國民黨也因為連宋分裂，導致大選中敗給民進黨，首度失去政權。

卸任總統一職後，李登輝持續推動本土化運動，2000年失去政權後，李登輝引咎辭職，辭去國民黨主席一職，但也因為2001年成立台灣團結聯盟，並為台聯候選人站台，而遭到國民黨開除黨籍。此後國民黨屢屢用「台獨分子」來批判李登輝。

在台日釣魚台主權紛爭上，儘管釣魚台實質統治權在日本手上，但是中華民國政府自1970年代便主張擁有釣魚台主權。不過，近年來李登輝多次主張釣魚台屬於日本的，引發國民黨與新黨人士不滿，曾多次威脅刪除李登輝的退休元首禮遇。