遭雄三飛彈誤射身亡的船長黃文忠家屬希望以國旗覆棺，經國防部溝通後，家屬表示不強求，願依法處理；總統府則要求主管機關內政部釐清相關規定是否適用。
對此，內政部民政司副司長羅瑞卿6日受訪時表示，根據「國旗覆蓋靈柩實施要點」，遺屬要提具相關證明文件報中央目的事業主管機關申請，此案的主管機關為國防部，所以須經國防部同意，認定此案符合因公殉職或為社會公義犧牲，才會再呈報到內政部。
羅瑞卿說，國防部已與家屬溝通，家屬並不強求，目前國防部也沒有將這個案子報到內政部。他並表示，此案是由於國軍疏失導致，與「國旗覆蓋靈柩實施要點」的要件不太相符。他說：『(原音)但是這個案子，我們目前了解，國防部目前並沒有把這個案子報到內政部來，因為這個案子基本上對於因公殉職或者是為社會公益犧牲這一方面的要件上可能會有一點出入，所以我想可能國防部會有另外的處理。』
根據「國旗覆蓋靈柩實施要點」，可以國旗覆棺者包括現任或卸任元首、副元首逝世；對國家、社會具有重大貢獻，逝世後經總統明令派治喪大員治喪者；依忠烈祠祀辦法入祀忠烈祠者；因公殉職或為社會公義犧牲，或在專業領域有特殊貢獻，經中央目的事業主管機關證明者等。