立法院司法法制委員會日前通過「促進正義轉型條例草案」，但並未納入原住民族的轉型正義，引發各界不同看法。立法院司法及法制委員會6日舉行「原住民促進轉型正義」公聽會，多數與會學者皆贊同「原住民族轉型正義」應單獨立法，並設置專責獨立機關。
不過，針對原住民族所設的獨立機關應隸屬總統府、行政院或是監察院？國民黨原住民立委鄭天財主張應設在監察院，但行政院書面報告指出，蔡英文總統將在今年的原住民族日代表政府向原住民族道歉，同時將在總統府設置「原住民族轉型正義委員會」，訂頒設置要點，相關的規劃正積極籌備中。
國家政策研究基金會顧問李訓民也認為，原住民族轉型正義的專責獨立委員會應屬總統府為宜，蔡總統應用最誠懇、謹慎的態度處理過去的歷史，且行政院有太多獨立機構，再增設一個，將產生合憲性問題。他說：『(原音)更何況我們現在的林全院長被幾個天兵閣員搞的頭昏腦脹、也被飛彈炸的頭昏腦脹，哪有時間處理這些事呢？隸屬於總統府是最比較合適的。』
台東大學生命科學系教授劉炯錫也表示，原住民以部落國的政治形式存在，中華民國政府應以總統府的高度與能量，整合跨部會資源，協助部落國的重建與發展；因此，他建議由總統府出面執行原住民族的轉型正義。他說：『(原音)很多國家都有部落學院、部落學校，台灣是不是也可以大力推。像以前我們鄉土教育在一個學校裡面一個禮拜一節課，這樣推很困難，所以我覺得趕快用總統府的高度，趕快來搶救我們台灣的每個部落國。』
文化大學國家發展與中國大陸研究所助理教授劉性仁則說，在總統府下設原住民的真相調查委員會，有助於推動原住民族的轉型正義，但若繞了一圈還是回到行政院，就不如在促轉條例中一併處理。他期待民進黨能推出一個完整的促轉條例，讓原住民族成為主角，而不是成為政治打擊的配角。