歐盟去（2016）年10月對台灣遠洋漁業「舉黃牌」，並分今年3月底、9月底、明（2017）年3月底，共三階段審查改善情況。
若明年3月底、最後一次審查未過，將被舉紅牌，即遭貿易制裁，光是輸歐漁獲貿易損失粗估新台幣70億元，但若美、日各國跟進制裁台灣，將重創年產值500億、600億元規模的遠洋漁業產值。
「漁業三法」包含「遠洋漁業條例」草案、「投資經營非我國籍漁船管理條例」修正草案及「漁業法」部分條文修正草案。
陳吉仲說，今天三讀通過的「遠洋漁業條例」草案，未來公布施行的違法漁船罰鍰將分成4級懲處，既達到歐盟要求的具備嚇阻效果，也讓遠洋漁業能接受。
包含500公噸以上漁船違規罰鍰600萬到3000萬元，100到500公噸漁船違規罰鍰400萬到2000萬元，50到100公噸漁船違規罰鍰200萬到1000萬元，50公噸以下漁船違規罰鍰100萬到500萬元。
他並說，歐盟及遠洋漁業在意的是否「故意」違法，母法條文已去除「故意」二字，但會在施行細則訂定判斷原則，不會有歐盟擔心的坦護國人狀況發生，但也不會在漁船非蓄意撈到保育類魚種1、2隻，就認定是故意違法。
但他也舉例，假如整艘船的漁獲量超出國際配額一定量以上，則屬違法；若故意把船名塗掉，也屬違法。
陳吉仲還說，歐盟主張我國須改善11件事，5件與修法有關；另6件則要求規劃行政管理改善措施，因此農委會7月下旬會完成改善措施，並與歐盟溝通進度。
另包含漁船都已裝設電子漁獲回報系統（E-logbook），並已跟10幾國簽署國際合作約定，還要讓派駐國外的觀察員自現況的55人，再添75人。
對於歐盟9月底將進行第二階段審查，記者詢問，「是否有機會提早解除黃牌危機？」陳吉仲說，樂見其成。
漁業署補充，全國遠洋漁船計1500艘，實際有作業的約1300艘，三級包含500噸以上為一級、100到500噸為二級，以及100噸以下為三級。1050705