現有證據顯示，孕婦感染茲卡病毒與胎兒小頭症及其他胎兒腦部嚴重缺陷的因果關係已具強烈科學共識，其中又以第一孕期（懷孕前3個月）孕婦風險較高。
衛生福利部疾病管制署1922防疫專線近日有不少孕婦進線詢問跟茲卡病毒感染症有關問題，其中62%進線民眾表示旅遊地為東南亞地區。
進一步分析進線資料，46%民眾為事先詢問赴茲卡流行地區旅遊應注意事項及預防方法，54%民眾則為從流行地區返台後擔心感染影響胎兒健康，詢問何處可以進行篩檢。
馬偕紀念醫院高危險妊娠科主任陳治平下午在記者會中表示，感染茲卡病毒感染症者有8成可能不會有症狀，或症狀相當輕微；但對孕婦影響很大，若早期懷孕受感染，可能會造成小孩嚴重神經畸形，風險約為1%到13%，若是晚期才感染，風險則略小。
他說，除了嚴重神經問題，嚴重感染也可能造成流產，建議孕婦應盡量避免去疫區，若真的非去不可，也一定要做好防蚊措施，只是真的很難預防會不會被蚊子叮咬。
疾管署長郭旭崧表示，目前茲卡疫情流行區以中南美最為嚴峻，但從目前台灣境外移入的茲卡病毒感染者患者來說，東南亞的威脅比中南美更大。
他說，如果民眾到茲卡疫區，一定要做好防蚊措施，且因茲卡病毒除透過病媒蚊叮咬外，也可能透過性行為傳染，民眾如離開流行地區，應依循「2226原則」進行防護。
女性無論有、無疑似症狀，都應延後2個月懷孕；男性如沒有出現疑似症狀，2個月內應避免性行為或正確使用保險套；若出現疑似感染，至少6個月應避免性行為或正確使用保險套。