林全和各部會首長約在晚間8時15分陸續離開總統府，蔡總統在府內又待了近約1小時，總統車隊在晚間9時5分左右離開總統府。府方稍晚將轉述會議內容。
海軍金江艦1日預劃實施甲類操演驗收，上午8時15分實施雄三飛彈系統檢測，結果在左營港內誤射，造成漁船船長黃文忠死亡的悲劇。
蔡總統6月24日啟程出訪友邦巴拿馬和巴拉圭，回程過境美國洛杉磯期間召集隨行的國安會秘書長吳釗燮和總統府副秘書長劉建忻，透過保密通訊方式聽取國安會副秘書長陳俊麟針對雄三飛彈誤射的報告。
蔡總統下午結束出訪行程返抵台灣，一下機發表簡短談話說明出訪行程收穫後，隨即回到總統府內，聽取國家安全會議與國防部對雄三飛彈誤射事件的簡報。
總統車隊在下午4時54分進入總統府，與會的相關部會首長和官員陸續在近5時到5時30分中間進入總統府。官員包括行政院長林全、國防部長馮世寬、陸委會主委張小月、外交部長李大維、海巡署長李仲威、海軍司令黃曙光等人。副總統陳建仁也參與會議。