行政院長林全2日上午9時半召集副院長林錫耀、秘書長林美伶及陸委會、外交部、國防部與中山科學研究院等單位，針對海軍金江艦中士高嘉駿1日上午輕易啟動雄三飛彈，誤擊在澎湖海域作業的高雄籍翔利昇漁船，導致船長黃文忠身亡，船長的兒子與2名外籍船員受傷的重大意外進行檢討。
會議直到3小時後才結束，行政院發言人童振源會後轉述，院長林全除了責請國防部痛下決心檢討責任歸屬外，也要求國防部即時澄清外界的質疑或誤解，並請國防部主動與受害者家屬協議國家賠償事宜。
值得注意的是，行政院除了責成高檢署組成專案小組徹底調查這起事件外，也將追究這起事件為何會被國民黨政策會執行長蔡正元率先在社群網站臉書(facebook)貼文披露，顯示國家安全受到嚴重威脅。童振源說：『(原音)林全院長指示：一、法務部已於昨天責成高檢署組成專案小組，由高檢署檢察長擔任召集人，針對本次事件進行偵查。專案小組應進一步對各個環節的相關人證、物證進行全面調查，以釐清是否為誤射或其他軍紀問題，國防部亦應全力配合；二、洩密事件已暴露國家安全受到嚴重威脅，除國防部應徹底檢討現行保防工作外，高檢署專案小組亦應徹底調查、釐清犯罪事實，務必給國人一個交代。』
童振源也表示，國防部長馮世寬已奉林全指示，留守國防部坐鎮應變中心，指揮調度；馮世寬也派參謀總長南下應變處置。行政院副院長林錫耀、國防部副部長李喜明則南下了解狀況，並慰問死者家屬與傷者。不過，童振源在轉述完會議內容後就迅速離去，對媒體拋出的諸多疑問，並未多做回應。