行政院大陸委員會晚間表示，海軍金江軍艦上午不慎誤射雄三飛彈引發各方關切。陸委會下午授權海峽交流基金會通報大陸海峽兩岸關係協會，請海協會通知「相關部門」，也隨即同步通報大陸國務院台灣事務辦公室。
對此，馬曉光回應媒體詢問時並未證實，僅說：「關於兩岸聯繫溝通機制問題，此前國台辦發言人已多次作出了說明。」
大陸國台辦主任張志軍下午出席活動受訪時說，在大陸再三強調要在「九二共識」政治基礎上維護兩岸關係和平發展、維護台海和平穩定之際，「發生這樣一個事態，我覺得影響是非常嚴重的」。
他並表示：「這就需要台灣方面對這件事作出一個負責任的說明，究竟是怎麼回事。」
被問及陸委會是否已通報大陸國台辦，張志軍當時回答：「沒有得到這個消息。」
大陸國台辦發言人安峰山6月29日在例行記者會上說，台灣新政府迄今未承認「九二共識」、認同其核心意涵，動搖兩岸互動的政治基礎，導致雙方聯繫溝通與協商談判機制停擺，「責任完全在台灣一方」。