原住民轉型正義沒有被納入「促進轉型正義條例」草案中，引發原住民族的不滿。
對此，蔡英文總統在巴拉圭時間29日傍晚與媒體茶敘時指出，由總統來處理原住民轉型正義問題最恰當，因為原住民轉型正義的問題跨越數百年的歷史，唯有民選總統才有政治能量帶領社會省思。她說：『(原音)換句話說，他不只是一個在每一天管理國家行政權的作用而已，他需要一個總統以她的高度來主導國家來省思在過去幾百年，我們對原住民的哪些做法需要被檢討、需要改變，這是一個很大的工程，也只有一個國家選出來的總統才有政治能量來帶領國家做這個思考。』
蔡總統表示，這並非只是單純行政權的問題，促轉條例雖會在行政院下設立獨立機關調查，但是總統府同時也有「真相與和解委員會」，能以更高位階處理原住民轉型正義的問題。
總統指出，她不希望原住民轉型正義的問題被吸納在行政院下處理，這樣反而失去其獨立存在的價值，她認為從總統位階上看問題，才有高度與廣度。