行政院發言人童振源轉述指出，立法院本會期結束前將通過「漁業三法」修法；行政院將迅速成立跨部會專案工作小組，加強相關執法工作及打擊非法、未報告及不受規範漁業活動(IUU)具體行動方案。
至於歐盟關切的修法內容，行政院與民進黨立院黨團也確定，修正「遠洋漁業條例」審查會條文第13條第1項第5款有關遮蔽漁船標幟，而第11款捕撈、持有禁捕魚種的部分，則刪除審查會所增列「故意」一詞。另外，也會刪除「遠洋漁業條例」審查會條文第28條及第33條，確定不收取資源使用費，不成立遠洋漁業發展基金。會中也決定保留「遠洋漁業條例」第36條有關重大違規或遭禁止而強行出港未依期限直航至指定港口的罰則，並維持行政院版文字。
此外，之前漁民擔憂政院版本罰則大幅提高，一旦違規被罰款恐怕會傾家蕩產，會中也決定保留「遠洋漁業條例」審查會條文第37條有關重大違規的罰則，並再區分小船級別，由三級改分為四級，並增列「總噸位未滿50噸漁船」，罰緩額度為新台幣100萬元以上、500萬元以下。