國家發展委員會檔案管理局的資料指出，日據時期，日本施行「工業日本、農業台灣」並引進化學肥料，用於甘蔗與稻米栽種，隨著肥料需求量不斷增加，先後在高雄、基隆、宜蘭等地設置化學肥料工廠，投入各種肥料生產，奠定台灣化學肥料的生產基礎。
民國34年10月，台灣光復之際，稻穀產量不及往年一半，市場上米價飛揚。35年底，台灣省行政長官公署成立台灣肥料運銷委員會，將肥料成本、行政費、運輸費等併入計算，致使肥料販售價格提高，農業生產因而陷入危機中。
39年，政府為因應播遷來台，爭取美援提供化學肥料及技術援助化學肥料工廠量產；為供應軍公教配糧，調節市場稻穀價格，持續透過化學肥料掌控糧食來源，規定農民以稻穀交換肥料。
由於地方合作社與農會整併，肥料換穀統一從糧食局配售到農會，而農民可至當地農會以稻穀領取肥料，若無多餘稻穀，則可先取得肥料，至收成後才繳還榖物。
台灣農民獲得化學肥料用於農作生產，農業產值不斷增加，不僅助益經濟起飛，也培育肥料工業發展。只是，在肥料換穀的過程中，農民多認為公定肥料價格過高，稻米價格偏低，因此建議政府調降肥料換穀的比率。
隨著農業生產與經濟結構的轉變，加上工業蓬勃發展，台灣農業面臨轉型，肥料換穀政策在62年走入歷史。從62年起，政府停止實施肥料換穀的政策，農民可在市場上直接購買化學肥料。
之後，出現稻穀生產過剩的情況，政府則以保障收購價格因應，為此詳細訂定收購蓬萊穀、在來穀等項驗收標準，規定合作社等經收單位必須「專倉保管」收購的稻穀，以確保農民的基本收益。