他投書的文章「讓台灣繼續扮演自由燈塔」（KeepTaiwan lighthouse of freedom）指出，總統府駁回馬英九申請，損及人權價值與台灣的自由與民主。
亞洲出版業協會（SOPA）邀請馬英九，出席亞洲卓越新聞獎頒獎典禮並發表演說，但總統府12日以卸任時間過短、國家機密數據過多、國家安全疑慮過高及與陸方溝通時間過急4項理由，回絕他申請訪港。
吳程遠在投書中指出，馬前總統主政期間維持兩岸間的平衡，與大陸的建設性對話，符合美國在亞洲的核心利益，而回絕馬英九訪港的決定，折損台灣的民主核心價值。
他說，台灣過去數十年來被譽為太平洋的自由燈塔（Lighthouse of freedom in the Pacific），激勵中國大陸民眾追求能讓人權更好的民主制度，自由燈塔維持應有的價值，台灣仍應被美方視為夥伴。