捷運新莊蘆洲線興建費用高達1357.78億元，其中209.23億元為自償經費，按路線分配由當時台灣省政府與台北市政府分擔，而省政府又跟當時的台北縣政府分擔，台北縣政府應付49.9億元、省政府應付99.8億元。
但柯文哲認為，精省後省政府負擔費用應由交通部承擔，但對方遲未給付，民國103年底委請律師向交通部及新北市政府提起公法上不當得利之訴。
柯文哲曾說，事實上並不是要告新北市政府，因為新北市政府是關係人身份，主要目標是交通部。
交通部反駁表示，興建捷運的自償經費，當初是由台北市政府擔任籌措平台，2013年6月通車後，賣票收入由台北捷運公司收取；土地開發收益則由北市府土地開發基金收取，從來就沒有交通部必須歸還北市府代墊經費問題。
交通部指出，行政院早在1998年核定，自償性財源由台北市政府暫代辦理貸款並負擔建設期利息，完工後營運時，應由營運單位償還貸款的本金及剩餘期間利息；2002年時，行政院更指定由台北市政府擔任統一籌措自償性經費的平台，等正式營運通車後，再由台北捷運營運收數償付北市府。