總統府駁回理由4點，包括馬英九經管或接觸的國家機密甚鉅，卸任不到1個月，相關機密仍具高度保密必要；馬英九任內經管或接觸的國家機密檔案及資料，尚待更多時間清查確認等。
媒體詢問，馬英九何時才可出國？等總統府全部清查後？還是只是因香港這個地方？李登輝曾出訪英國，當時也剛卸任，差別在哪？
總統府發言人黃重諺說，李登輝卸任時，國家機密保護法還沒制定，也沒相關管制規定，國家機密保護法2003年才制定完成。
他說，馬英九申請出境，是國家機密保護法施行以來，第一次有卸任總統在管制期間提申請，且是去香港，對國家安全來說，香港屬於高度敏感地區，卸任總統在出境管制期間造訪香港的風險難管控，而國家安全局和香港政府相關合作無前例可循。
媒體追問，馬英九何時可出國？之後都不能出去嗎？黃重諺說，「這是比較假設性的問題」，要視不同出境案件、相關事由整體評估。