柯文哲在民國103年縣市長選舉時，遭前國民黨立委羅淑蕾控訴在擔任台大醫院外科加護病房主任時，為逃避台大監督私設外科加護醫療經費（MG149）帳戶，並接受廠商捐款。
北檢今天偵結，均因罪嫌不足、難認不法，將柯文哲不起訴處分。
但檢方也認為，MG相關經費收入甚鉅，以MG149經費來說，歷年收入約達4000萬元，且經費支用期間又沒有限制，有產生流弊的可能性。
此外，柯文哲也鼓勵團隊醫師運用該制度捐款、抵稅，造成少數醫師以此方式捐款後，在團內長期獲取聘用助理、購買設備等資源，另一方面又能減免繳納所得稅，容易使外界產生課稅不公平疑慮，的確不合理。
檢方表示，柯文哲在擔任台大醫院醫師、台大醫學院教職期間，參加研討會、演講等相關報酬，廠商大多都以現金方式支付，為了確保柯及團隊沒有逃漏稅情事，在此案確定後，將函請稅捐機關查處。