新任中研院長遴選，黃重諺表示，總統府已在5月12日前總統馬英九任內函覆中研院「於法並無不合」，蔡總統就任後，經審慎檢視總統府相關立場，並於5月26日聽取王汎森與遴選委員會召集人、副院長王瑜說明適法性後，決定繼續進行院長遴選程序。
黃重諺表示，中研院5月11日致函立法院、總統府，詳細澄清外界對遴選程序的質疑，而馬前總統也在5月12日函覆。
他說，王汎森、王瑜會見總統時說明遴選程序的適法性，也說明遴選委員會共9位委員，面談所有被提名人後選出4位候選人給評議會，評議會選出3位遴選院士交給總統圈選。
黃重諺表示，依照過去經驗，通常由排名第一名的院士出任中研院長，除了過去在民國51年，當時得票最高的院士吳大猷婉謝出任。
因此，黃重諺說，基於過去圈選慣例和對評議會的尊重，蔡總統將優先與排名第一的廖俊智會見。
總統會否只約見廖俊智？黃重諺重申，這是基於過去慣例跟對評議會的尊重。對於總統府是否已和廖俊智溝通過，黃重諺說，他目前還沒有這樣的訊息。