教育部將撤銷微調課綱，國台辦表示民進黨當局必須承擔由此產生的後果。對此，立委黃國書30日在立法院教育及文化委員會質詢時表示，國台辦是教育部的頂頭上司嗎？憑什麼講這種話干涉我國的教育政策？黃國書並詢問潘文忠是否會因此收回成命？
對此，教育部長潘文忠表示，教育部遵循立法院的決議撤銷微調課綱，目前朝既定目標向前行。潘文忠：『(原音)我想我們是中華民國，我們在整個處理這一些上面是從專業、從程序、從法制面來做整個課綱的處理。』
黃國書並表示，他不了解我國撤銷微調課綱要自負什麼後果，我國制定的政策當然是由自己負責，不會叫國台辦負責。