交通部研擬實施橫向國道收費案，部長賀陳旦雖強調將深入研究及溝通，但已引起各界熱烈討論。縣議員蕭志全25日在縣政總質詢中表達反對，並諮詢林縣長意見，林縣長表示國道6號若收費，衝擊的不僅是南投縣民，更影響交通、農產運輸、醫療及物價問題，他反對國道6號收費。
林縣長指出，過去擔任立委期間曾爭取國道20公里里程免費及橫向國道暫不收費等政策，如今仍維持相同立場，反對國道6號收費。主因乃是橫向國道若收費，勢必影響以農產為主的鄉鎮，農產品及民生物資運輸成本將增加，運輸成本如果轉嫁給消費者，則將呈現另一波漲價風潮，對民生環境相當不利。
林縣長強調，橫向國道包括國道6號在內，當初設置目的是為了聯絡偏遠地區及城鄉之間的橫向交通，以填補各縣市公路及大眾運輸的不足，連串的不僅是觀光、農業，也是縮小城鄉差距的重要建設，與行經重要工商城市的國道1號等直向國道有所不同，橫向國道收費與政府縮小城鄉差距的目標有所衝突。
林縣長指出國道6號收費亦可能影響他縣市遊客前往國道6號沿途鄉鎮旅遊意願，加上在外縣市上班的通勤族也可能為減少支出而導致人口外流，在諸多理由下，縣長表達反對立場，也期盼交通部持續與地方溝通，深入了解地方需求。