共同社報導，20日上台的蔡英文政府決定撤回巡邏船，此舉可能是顧及日方。
日本對台窗口和台灣對日交流窗口今天宣布，一致同意就日台之間海洋問題啟動進行磋商的架構「日台海洋合作對話」。
對此，日本內閣官房長官菅義偉在記者會上表示：「通過這項架構能夠強化日台在海洋合作領域的溝通。日本政府對此也表示支持。」他的發言對於與蔡英文政府加強合作表示出期待。
上述「合作對話」由台日雙方交流協會幹部組成，將就環保及緊急救援活動合作等進行磋商。
對於台灣5月上旬派遣巡邏船，共同社報導，日本政府當時對顯示出強硬姿態的馬英九政府表示不滿，曾對台表示「極其遺憾」。