埃及民航部長在空難當天曾經表示可能是恐怖攻擊，但3天過去之後，沒有任何組織出面宣稱犯案，而機上的煙霧警報和飛行指揮系統的紊亂狀態，也顯示可能是技術故障導致。
埃及總統塞西（Abdel Fattah al-Sisi）表示，現階段一切假設皆有可能，不能特別傾向於任何一種說法。
MS804航班上搭載66人，其中30人來自埃及，15人來自法國。因此法國和埃及兩國作出更多努力來查明事故原因。3天來，兩國的艦艇和飛機一直在希臘克里特島和埃及北部海岸之間的海域進行搜索。
到22日為止，搜尋人員找到不少遺物，包括兒童背包、救生衣、座艙碎片等等，但是還沒有找到任何遺體。
法國已經派遣一艘護衛艦「雅庫貝中尉號」（Enseigne de vaisseau Jacoubet）赴相關海域，預計23日下午抵達。而埃及方面則排出潛水艇參與搜尋，據塞西總統稱可以下潛到水下3000公尺。
這起事件讓人回想起1架俄羅斯客機於2015年10月在埃及西奈半島墜毀，造成224人身亡，當時事發幾個小時後，「伊斯蘭國」組織埃及分支就聲稱對這次空難負責。而MS804航班失事3天後，並沒有任何組織出面。
伊斯蘭國組織21日晚間發布的音頻信息中，也沒有提到這次空難。但反恐專家並不感到特別奇怪，因為相關錄音可能是幾天甚至幾週之前就錄製好的。