2009年，台灣首度得以「中華台北」名義、觀察員地位參加世界衛生大會（WHA），當時的衛生署長葉金川以「部長」（Minister）名義獲邀出席。
會議期間，葉金川與時任中國大陸衛生部長陳竺在場內握手交談，創下兩岸衛生高層官員共同出席聯合國系統下正式會議、並且互動的先例。
2010年，時任衛生署長楊志良出席大會，同樣與陳竺會談，但後來爆出世衛組織（WHO）內部的「世衛條例對中國台灣省之執行作業準則」密函，片面把台灣定位為「中國一省」。
這件事導致2011年，接任衛生署長的邱文達出席世衛大會時，向世衛組織表達對這份內部文件貶抑台灣的不滿，並提交書面抗議；當時的美國衛生部長塞比留斯（Kathleen Sebelius）召開記者會支持台灣，說「沒有任何聯合國機構有權片面決定台灣的地位」。
這一年，邱文達與陳竺未若過去兩年自然會面交談，台灣的世衛宣達團申請旁聽證也遭拒。
2012年延續緊繃氣氛，世衛宣達團出示護照仍無法進場，時任立法委員的林世嘉於旁聽席展示表達「一中一台」立場的上衣，被請出會場，而出席大會的邱文達也未與陳竺互動。
2013年，邱文達3度率團出席大會，並與中國大陸國家衛生和計劃生育委員會主任李斌（衛生部改制）在萬國宮附近飯店會談45分鐘，追蹤海峽兩岸食品安全協議及醫藥衛生合作協議。
2014年，邱文達以改組後的衛福部長身分出席，與中國大陸國家衛生和計劃生育委員會副主任王國強會談；2015年，前衛福部長蔣丙煌出席，與李斌會談，兩岸互動回歸醫藥衛生專業領域。
今年的世衛大會是民主進步黨再度執政後，首次與中國大陸交手的國際場域，台灣收到世衛邀請函及報名所需帳號密碼的時間都較往年晚，邀請函還強調「一中原則」。
中國大陸國務院台灣事務辦公室以約1000字的聲明，回應蔡英文總統發表的就職演說，認為演說未明確承認「九二共識」並認同核心內涵，是一份「沒有完成的答卷」，使得台灣在今年世衛大會的參與程度及兩岸互動更受矚目。